Alle jaar (ten ware dat de nood een kortere tijd vereiste) zullen vier of vijf, of meer genabuurde classes samenkomen, tot welke particuliere synode uit iedere classis twee dienaars en twee ouderlingen afgevaardigd zullen worden. In het scheiden zowel der particuliere als der generale synode, zal een kerk verordend worden, die last hebben zal, om met advies der classes de tijd en de plaats der naaste synode te stellen.
De kerkelijke vergadering van de afgevaardigden van verschillende classes in een bepaald ressort, wordt de particuliere synode genoemd. Vroeger sprak men ook wel van provinciale synode, omdat de grenzen van de particuliere synode meestal samenvielen met de provinciale grenzen. In de dagen van de Republiek was het vergaderen van een particuliere synode een gewichtig feit. Daar de reisgelegenheid in die dagen primitief was en de synode meer dan één dag, soms vier of vijf dagen duurde, was het reizen naar de synode een hele gebeurtenis. Voor de onkosten die de afgevaardigden moesten maken, werd hun een bepaald bedrag door de Staten toegekend. Naar oud gebruik namen zij hun intrek bij notabele leden van de gemeente waar de synode bijeenkwam. De plaatselijke predikanten moesten daarvoor tijdig de nodige maatregelen nemen.
Op de dag van de opening van de synode gingen de afgevaardigden, gewoonlijk gevolgd door een brede schare nieuwsgierigen, onder klokgelui naar de hoofdkerk, waar zij door de oudste pastor loci met een toespraak werden verwelkomd, en de vergadering met gebed werd geopend. Daarna begon men aan de werkzaamheden. Elke zitting werd aangekondigd door 'het trekken der klok'. Van het behandelde werd door de scriba aantekening gehouden, die het opgetekende tijdens de volgende zitting voorlas ter vaststelling.
In de dagen van de vervolging door Alva, toen de gemeenten 'onder het kruis' zuchtten, waren er drie particuliere synoden, die ook gebieden in het buitenland omvatten. De Nederlandse Gereformeerde Kerken waren ook in Duitsland te vinden te Wezel, Keulen, Aken en Embden. In Engeland trof men ze aan te Londen en omstreken. De drie hoofdgroepen van de kerk onder het kruis in Nederland, Duitsland en Engeland moesten nu elk op zich als een particuliere synode samenkomen. Toen er echter na 1572 langzamerhand meer vrijheid kwam en de Reformatie doorwerkte, kwamen de gemeenten in de nederlandse provincies zelf in provinciale synoden bijeen. De eerste was die van Noord-Holland te Hoorn in het begin van de zomer van 1572. En in 1578 was de opbouw van het kerkelijke leven reeds zover gevorderd, dat de in dat jaar gehouden Nationale Synode te Dordrecht, bepaalde dat de particuliere synoden elk jaar zouden samenkomen. Ze dienden uit vier of vijf classes te bestaan. Elke classis zou twee predikanten en twee ouderlingen afvaardigen, terwijl de andere predikanten en ouderlingen wel als gasten aanwezig mochten zijn, maar geen keurstem (beslissende stem) zouden hebben. Ook nam men het besluit dat één der gemeenten moest worden aangewezen, om, met advies van de classis, plaats en tijd van de volgende synode te bepalen.
Werd vastgesteld, dat deze ‘jaarlijkse verzamelingen’ er moesten zijn, dit betekende echter niet dat zij altijd konden plaatsvinden. Waren het voorheen Alva en zijn soldaten die voor verhindering zorgden, later waren het de provinciale overheden die in enkele provincies de particuliere synoden beletten. Zij meenden zoveel in de kerkelijke aangelegenheden te zeggen te hebben, dat zij de provinciale synoden blokkeerden. Vooral in gebieden waarin de provinciale overheden achter de remonstranten stonden, werden de particuliere synoden belet. Zo verboden de Staten van Holland de particuliere synoden tien jaar lang, van 1608-1618. In Gelderland werden ze niet gehouden in de jaren 1584-1592, en van 1613-1618.
In Friesland waren er naast de afgevaardigden van de verschillende classes ook twee commissarissen-politiek aanwezig: vertegenwoordigers van de Staten. Deze twee politieke heren hadden het recht van veto over alle genomen beslissingen van de synode. Ook was het in Friesland zo dat niet-afgevaardigde predikanten op eigen kosten en alleen met adviserende stem op de synode mochten komen. De praeses van de synode moest echter de stemmen van de adviserende predikanten ‘ponderen’ (wegen) en niet nummeren (tellen), opdat ‘de meeste stemmen de beste niet zouden overwinnen’. Dit moet voor de praeses geen gemakkelijke taak geweest zijn!
In de laatste vergadering vóór de partikuliere synode heeft elke classis die tot het ressort behoort, tot taak afgevaardigden te kiezen naar deze synode. Deze afgevaardigden worden door stemming aangewezen, daar het gewenst is dat de meest bekwame en ervaren broeders uit de classes de gemeenten op de synode zullen vertegenwoordigen. Deze broeders kunnen daarom beter door verkiezing afgevaardigd worden dan bij toerbeurt. Art. 47 zegt dat ‘uit iedere classis twee dienaars en twee ouderlingen afgevaardigd zullen worden’. Belangrijk is het feit, dat het aantal predikanten en ouderlingen gelijk moet zijn. Dit is geheel in de geest van het presbyteriale (gereformeerde) kerkrecht, dat op grond van de Schrift uitspreekt dat aan de ouderlingen naast de predikanten de regeermacht in de kerk is opgedragen.
Wel is het waar dat in de eerste tijd van de Reformatie er meer predikanten aanwezig waren op de partikuliere synode dan ouderlingen. In Drenthe en Zeeland kwamen er zelfs helemaal geen ouderlingen aan te pas, maar wel 'politieke' afgevaardigden van de overheid. De oorzaak hiervan was echter de invloed die de overheid uitoefende op de kerk. Bovendien kwam daarbij nog de reden dat de ouderlingen doorgaans te bezet waren om zich enige dagen en weken vrij te maken. Maar de gemeenten zelf wilden van dominocratie niet weten. Om deze dominocratie te voorkomen, namen zelfs enkele synoden het besluit dat er geen predikanten in plaats van ouderlingen afgevaardigd mochten worden (Veere 1610, Zierikzee 1618). Het is daarom te prijzen dat de kerken met het presbyteriale kerkrecht terugkeerden naar de goede regel om een gelijk aantal predikanten en ouderlingen als afgevaardigden voor de synode te verkiezen. Wel werd door sommige synoden bepaald dat de classes alleen die ouderlingen zouden afvaardigen naar de synode waarvan men, zoveel doenlijk is, verzekerd kan zijn, dat zij de vergadering ten einde toe zullen bijwonen (Gouda 1620).
De gereformeerde vaderen stonden er zelfs op dat de afgevaardigden niet vertrokken voordat de vergadering van de synode geëindigd was. Zo besloot de Synode van Haarlem 1594: ‘Dat noch dienaren, noch ouderlingen uit de vergadering scheiden zullen, voor en aleer de zwarigheden zullen zijn afgedaan’. ‘Om de traagheid van sommige broeders in het bijwonen der bijeenkomsten' tegen te gaan, werden zelfs geldelijke boetes opgelegd. In Noord-Holland moest een afgevaardigde, die één zitting niet bijwoonde vijf stuivers betalen. Wie de gehele synode zonder wettige oorzaken wegbleef, moest een pond vlaams (f 6,-) betalen. In Friesland moesten ‘de verachters der synode’ voor elke verzuimde synodedag één schelling geven, voor de armen, ook moesten zij daarna ‘hun schuld openlijk en mondeling in hun classicale vergaderingen bekennen’, en aan de andere classes moest ‘hun schuldbekentenis overgeschreven worden’.
Om praktische redenen werd het aantal afgevaardigden dat in artikel 47 wordt genoemd na de Afscheiding van 1834 door sommige kerken wel gewijzigd, maar dan steeds zodanig dat het aantal predikanten en ouderlingen steeds gelijk is.
Wat betreft de plaats van samenkomst bevatten de oude kerkorden geen bepalingen. Zij lieten dat aan de synode zelf over. Meestal vergaderde men in de hoofdplaatsen, die het gemakkelijkst te bereiken waren. Soms vergaderde men beurtelings in de verschillende classes. Aan het einde van elke vergadering van de synode moet de ‘synodale classis en de synodale gemeente’ aangewezen worden: de roepende classis en gemeente. Deze opdracht houdt in, dat de roepende gemeente in overleg met de classis waartoe zij behoort, de volgende particuliere synode moet samenroepen. Aan de roepende gemeente dienen de classes alle punten voor de agenda door te geven. De roepende kerk heeft ook de taak het agendum tijdig aan de afgevaardigden van de nieuwe synode toe te zenden.