Vierderlei kerkelijke samenkomsten zullen onderhouden worden: de kerkeraad, de classicale vergaderingen, de Partikuliere Synode en de Generale of Nationale.
Tegenover de independenten hebben de gereformeerde vaderen steeds op schriftuurlijke en praktische gronden de noodzakelijkheid van een krachtige organisatie verdedigd. Zij beoogden steeds een organisatie waarbij enerzijds de zelfstandigheid van de plaatselijke gemeente werd gehandhaafd en waarbij anderzijds de saamhorigheid en de samenwerking onderling tot openbaring komen, omdat de gemeenten één zijn in Christus en opdat de zuiverheid der leer en het zuiver bewaren van Christus’ inzettingen verzekerd zal zijn. Van de reformatoren is het vooral Calvijn geweest, die de schriftuurlijke leer aangaande kerk, ambt en regering op heldere wijze heeft neergeschreven. Hij oordeelde op grond van de Schrift dat de macht in de kerk niet wordt uitgeoefend door de gezamenlijke leden van de gemeente, maar door de opzieners van de gemeente, die in de naam en naar de opdracht van Christus moeten handelen. Naast de predikanten, die voor hun leven dienen, moeten er ook opzieners zijn die uit de leden genomen en tijdelijk dienen, om gezamenlijk de regering en het opzicht over de gemeente te hebben. Zo kwam te Genève de kerkeraad tot stand. Omdat Genève te klein was voor een classis en een synode, werd er naast de kerkeraad wel een predikantenvergadering gehouden met het oog op de eenstemmigheid in de uitleg van de Heilige Schrift en de zuiverheid in de leer. In Frankrijk gevoelde men door de grote uitbreiding van het kerkelijk leven spoedig behoefte aan een synodaal verband. In 1561 waren daar al 2150 gereformeerde gemeenten. Zij vroegen om een synodale organisatie om met elkaar een geloofsbelijdenis en een kerkorde op te stellen. Op 26 mei 1559 kwamen te midden van de felle vervolging de afgevaardigden der gemeenten daartoe samen in St. Germain, een voorstad van Parijs. Het was de eerste synode der Reformatie om de eenheid der gemeenten te handhaven en enerzijds niet in het indepen-dentisme en anderzijds niet in de roomse hiërarchie te vervallen.
Vanuit Genève en Frankrijk werden deze schriftuurlijke gedachten ook overgedragen aan de gemeenten onder het kruis in de Zuidelijke Nederlanden. Hier kwam men vanaf 1563 herhaaldelijk samen. In 1571 werden te Embden de zaken aangaande kerkverband en synode nader geregeld. Aan Marnix van St. Aldegonde was opgedragen de oproep te verzorgen tot afvaardiging door de gemeenten. Deze schreef in de oproepingsbrief dat kerkelijke eenheid zou strekken ‘ter eeren Gods almachtich en tot op-bouwinge Sijner lieve Gemeijnte’. De organisatie werd door de Synode van Embden niet opgelegd aan de gemeenten, maar zij werd door de gemeenten met gemeen accoord goedgevonden. Omdat men één was in belijdenis was er eenheid om ook verder alles wat de regering van de kerk betrof samen nader te regelen. Omdat de gemeenten die op de synode vertegenwoordigd waren één waren in Christus en één in belijdenis, waren zij ook geroepen om nadere regelingen te maken van de regels voor het welzijn van de gezamenlijke gemeenten om naar buiten ook de eenheid zoveel mogelijk in praktijk te brengen.
De D.K.O. spreekt over vier kerkelijke vergaderingen: de kerkeraad, de classis, de particuliere en de generale synode.
De naam kerkeraad duidt zowel het bestuurscollege van de plaatselijke gemeente als de vergadering daarvan aan. Vroeger schreef men wel: kerckenraet, d.i. raad van een plaatselijke kerk. In 1 Timotheüs 4: 14 is er sprake van de ouderlingschap, d.i. het college van ouderlingen. Naast het griekse woord: presbuterion, d.i. ouderlingschap, kwamen ook voor de latijnse woorden: presbyterium, d.i. college van ouderlingen, en consistorium, d.i. de plaats waar de kerkeraad samenkomt en daarom ook het college van de kerkeraad zelf. Nog wordt wel gesproken over het consistorie, d.i. de kerkeraad, en de consistoriekamer, d.i. de kamer waar de kerkeraad vergadert.
De naam classis of classe betekent in het algemeen een samengeroepen menigte (b.v. van leger en vloot). In de kerktaal betekent het woord classis een samenkomst van een groep gemeenten die tot eenzelfde buurtschap of distrikt behoren. Het Convent van Wezel sprak van ‘classen of parochiën’. Parochie is van afkomst een latijns woord en betekent nabuurschap. In het gereformeerde spraakgebruik is het woord parochie verdwenen en het woord classis behouden. In de roomse kerk is een parochie een zelfstandige kerkelijke gemeente onder een pastoor. De Particuliere Synode is een samenkomst van een aantal classes. Omdat vroeger de grenzen van de particuliere synode wel samenvielen met de grenzen van een provincie, sprak men ook wel van provinciale synode. De Synode van Dordrecht 1578 sprak van ‘particuliere synoden’ en deze benaming heeft thans burgerrecht verkregen.
De Generale Synode is de meest brede vergadering. Ze wordt generaal of algemeen genoemd omdat de gehele kerk er vertegenwoordigd is. Vroeger sprak men ook wel van de nationale synode, omdat de ene ongedeelde kerk van Nederland er in vertegenwoordigd was. Op de grote Dordtse Synode van 1618-1619 waren door de Staten ook buitenlandse theologen uitgenodigd, die in de geschilpunten met de remonstranten een beslissende stem zouden geven. Het eerste gedeelte van deze synode droeg dus een internationaal karakter en daarom wordt ze wel een extra-ordinaire of een internationale synode genoemd. Toen de buitenlandse afgevaardigden vertrokken waren, ging zij over in een nationale synode. Zo was het eerste deel van de Dordtse Synode bijna een ‘gereformeerd oecumenisch concilie’ of ‘wereldsynode’. Bijna, want de meeste afgevaardigden waren niet op gereformeerde wijze door de kerken afgevaardigd, maar door de overheden gedeputeerd. Ook ontbraken er de franse en de schotse kerken, die door hun koningen belet waren hun afgevaardigden te zenden, terwijl ook de afgevaardigden uit Brandenburg afwezig waren. Na 1618-1619 is er nooit meer een nationale synode geweest, want de Staten hebben nimmer meer verlof gegeven om deze te houden. De 'Politieke Heren' vreesden voor te veel invloed van de kerk. Wel kwamen in de verschillende provincies de particuliere synoden samen. Hun correspondentie door middel van deputaten bleek toen van het grootste belang te zijn. Zo bleef er ook een band met elkaar en werd de eenheid van handelen voor de gehele kerk bevorderd en gediend.
De plaatselijke kerkeraden brengen bij de meerdere vergaderingen hun bevoegdheid over naar de classes, particuliere en generale synoden. De plaatselijke gemeenten staan niet los van elkaar, maar hebben een nauwe band die ze met elkander verenigt. Die band is niet anders dan een uitvloeisel van de geestelijke eenheid, welke onderling tussen de gezamenlijke gemeenten aanwezig is. Deze eenheid werkt niet alleen in op de regeling van de interne verhoudingen in een gemeente. In niet mindere mate openbaren zich de gezamenlijke gemeenten, hetzij binnen de classis, hetzij binnen de particuliere synode, hetzij binnen de generale synode, als een lichaam met eigen verantwoordelijkheid, alsmede met bepaalde aanspraken en rechten. Als zodanig vinden zij dan ook bij de overheid erkenning, bijzonder ook t.a.v. de stoffelijke aangelegenheden. De plaatselijke gemeente heeft haar eigen beheer en regeling over haar stoffelijke aangelegenheden. De plaatselijke kerkeraad heeft rechtspersoonlijkheid. Maar een meerdere vergadering van gemeenten vormt ook een privaatrechtelijke rechtspersoon. Een opzettelijk ingesteld proefproces bij de burgerlijke rechter heeft geleid tot het arrest van de Hoge Raad van 13 mei 1938: ‘De kerken, die in classes, particuliere synoden en generale synoden samenkomen, vormen tezamen even zovele vermogensrechterlijke eenheden ten aanzien van de stoffelijke aangelegenheden, die haar onderscheidenlijk in classicaal, particulier-synodaal en generaal-synodaal verband gemeen zijn. Deze eenheden worden in en buiten rechte vertegenwoordigd zowel door respectieve classicale, particulier-synodale en generaal-synodale vergaderingen, als door deputaten, die door deze vergaderingen worden benoemd, geïnstrueerd en ontslagen en in al hun handelingen door hun instructie zijn gebonden’.