Het ambt der doctoren of professoren in de theologie is, de Heilige Schriftuur uit te leggen, en de zuivere leer tegen de ketterijen en dolingen voor te staan.
De naam van doctor zoals deze in de D.K.O. gebruikt wordt, moet niet gelezen worden als titel of als een wetenschappelijke graad. De kerkorde bedoelt er mee de werkzaamheid van het geven van het onderwijs voor de vorming van de aanstaande predikanten. Calvijn en de gereformeerden vereenzelvigden de doctoren met de professoren, de hooggeleerden die de opleiding van jonge mannen tot de bediening des Woords verzorgden. En ofschoon Calvijn het ambt der doctoren zag als een kerkelijk ambt naast de andere drie ambten met het doel de waarheid te verdedigen, in de praktijk werd het doctorenambt op één lijn gesteld met het docentschap aan de academie of universiteit. Het werd dus een schoolambt.
Het Convent van Wezel achtte het nodig eigen kweekscholen op te richten, waarin de oude talen en de theologie zouden worden onderwezen, onder leiding van kerkelijke doctoren. Maar na de stichting in 1575 van de universiteit van Leiden hadden de gemeenten over de opleiding tot de dienst des Woords geen zeggenschap. Wel wensten de gereformeerden de handhaving van het gereformeerde karakter van de theologische faculteiten van de universiteiten, zij eisten dan ook dat de theologische professoren de belijdenis van de kerk zouden ondertekenen. Maar zij stuitten echter op de tegenstand van de politieken, de burgerlijke regeerders, die redeneerden dat de universiteit een zaak was van de overheid, omdat zij de stichteres van de universiteiten was.
De D.K.O. noemt als taak van het doctorenambt of het hoogleraarschap de uitlegging van de Heilige Schrift en de verdediging van de leer tegen ketterijen en dwalingen. De kerk heeft de roeping het Woord Gods te onderzoeken, te bewaren en te verkondigen. De kerk heeft ook de roeping er voor te zorgen dat naast de dienaren des Woords er ook mannen zijn die zorg dragen voor de opleiding van de dienaren des Woords. Zij heeft er ook voor te zorgen dat deze mannen voldoende gelegenheid gegeven wordt hun gaven en krachten te kunnen geven voor deze belangrijke taak. De kerk is ook volkomen bevoegd een eigen theologische school of hogeschool te openen en daaraan onderwijskrachten te benoemen: mannen die bekwaam én geschikt zijn om dit onderwijs te kunnen geven. De theologie wordt wel genoemd de dochter van de kerk. Daarom mag het de kerk niet onverschillig zijn hoe haar aanstaande predikanten opgeleid worden. Het is voor de kerk van het grootste belang om zeggenschap te hebben over de opleiding. De gereformeerde vaderen hebben steeds het nauwe verband gezien tussen de dienaar des Woords en de docent voor de opleiding van de aanstaande predikanten. Zij hebben het dan steeds nodig geoordeeld, dat diegene die tot docent benoemd werd, in het ambt stond. Hiermede werd de band tussen kerk en opleiding zo nauw mogelijk gehouden. De omschrijving van het ambt der doctoren in art. 18 blijkt geheel in overeenstemming te zijn met de opvattingen van Calvijn (Vergelijk zijn commentaar op Ef. 4: 11). Calvijn heeft aanstonds de Heilige Schrift als bron van de theologie genomen en daarom de nadruk gelegd op de goede verklaring, de exegese van de Schrift. Latere gereformeerde theologen hebben uit dit principe de theologie meer ontwikkeld in de vakken die zich groeperen rondom het dogma (dogmatiek), in de vakken die zich groeperen rondom het ambt (ambtelijke vakken), en in de vakken die zich groeperen rondom de kerk (ecclesiologie).